Redemptoristický řád přišel do Plzně v roce 1907. Pro potřeby řádu byla zakoupena Vaňkova vila na Klatovské třídě, kde redemptoristé zřídili prozatímní kapli Panny Marie Ustavičné Pomoci. Kaple byla vysvěcena 18. 6. 1907. Když se podařilo kapli dovybavit a návštěvy věřících vzrostly, požádal superior řádu P. Josef Roller v Praze, aby redemptoristé mohli v Plzni vystavět nový chrám, zasvěcený svatému Janu Nepomuckému. Stavba byla svěřena plzeňské firmě Müller-Kapsa a již v prosinci 1907 byly plány hotové. Byly schválené ústředím řádu v Římě a do konce roku udělilo své schválení i pražské místodržitelství a ministerstvo. Problémem ovšem zůstávala stránka finanční. Byla uspořádána velkorysá sbírka a řada dobročinných akcí v Plzni i mimo ni. Z výtěžku sbírky byla zahájena stavba kostela – 30. června 1908 se začaly kopat základy kostela, do konce října byly položeny základy a vystavěna žulová podezdívka do výše 1 m. V té době se však vyčerpaly poslední peníze ze sbírky a tak 30. 10. 1908 byla stavba zastavena.
Další potřebnou sumu získali redemptoristé z vánočního bazaru v Plzni a v Praze v roce 1908. V lednu 1909 se jim podařilo založit Spolek pro vystavění kostela svatého Jana Nepomuckého. Ani žádosti o podporu různým podnikům, ani výtěžky z dobročinných akcí však nemohly pokrýt náklady stavby, jejíž rozpočet byl určen na 540.000,-K. Původní projekt byl proto zjednodušen, upustilo se od některých oken, ztenčeny byly sloupy a upuštěno od některých ozdob, takže předpokládané náklady klesly asi o 130.000,-K. Dne 5. 4. 1910 se na stavbě počalo opět pracovat.
O svátku svatého Jana Nepomuckého v květnu 1910 byl posvěcen základní kámen kostela. Stavba pokračovala až do Vánoc, kdy byl už kostel pod střechou a věže vystavěné do výše 25 m. V dubnu 1911 byly dokončené obě věže a 26. 4. 1911 byl na severní věži vztyčen kříž.
Počátkem srpna 1911 byly na věž umístěny 4 zvony, naladěné podle melodie benediktinských zvonů v Jeruzalémě:
V roce 1917 byly zvony Jan a Josef zrekvírovány pro válečné účely a znovu doplněny v roce 1929. Nové zvony byly ulity firmou Rudolf Perner, která ke zvonům v roce 1931 zavedla elektrické zvonění. Stavba spěla rychle k závěru. K posvěcení kostela došlo 22. 10. 1911.
V průčelí pseudorománského kostela jsou dvě věže, měřící 63 m. Vstupní portál je ozdoben štukatérskými prvky od akademického sochaře Vojtěcha Šípa, žáka Myslbeka. Vstupní portál má tři vchody. Chrám je trojlodní, přes 50 m dlouhý, z toho loď měří 34 m. Výška lodí je 20 m, šířka všech tří lodí 26 m. Železobetonová klenba spočívá na 12 pilířích, jejichž vlysy jsou ozdobeny hlavičkami andílků a jinými ornamenty. Žebra bočních lodí vybíhají z krakorců, jež tvoří různé hlavy. Interiér kostela osvětluje 20 jednoduchých velkých, dvě sdružená a jedno trojdílné okno Družinské kaple a tři velké růžice. Okna byla díky různým dárcům vyplněna vitrážemi s obrazy světců. V prostoru pod kůrem na evangelní straně byla vybudována Zpěvní síň, odkud vedou schody na kůr. Kruchta je přístupná i vchodem z epištolní strany chrámové předsíně. Po levé straně presbytáře je sakristie a malá předsíňka, z níž vedou schody do Družinské kaple, umístěné v patře nad sakristií. Hlavní oltář svatého Jana Nepomuckého byl vyroben podle návrhů Prof. Jana Kastnera v dílně akademického sochaře Františka Kadeřábka v Praze, stejně jako boční oltář Panny Marie Ustavičné Pomoci a boční oltář svatého Josefa. Po stranách presbytáře jsou umístěné sochy svatého Vojtěcha a svatého Václava, věčné lampy jsou z uměleckých dílen pana Grünfelda. Lavice z dubového dřeva vyrobili podle návrhu Prof. Jana Kastnera umělecký truhlář Václav Novák a mistr Josef Havel. Opět podle návrhu Prof. J. Kastnera zhotovil plzeňský truhlář pan Kovařík 5 dubových zpovědnic. V levé postranní lodi byl u sakristie postaven oltář Nejsvětějšího Srdce Páně, v pravé boční lodi u kruchty oltář Sedmibolestné Panny Marie.
Roku 1913 byla pořízena Křížová cesta, plastická, z terakoty, roku 1914 byl pořízen oltář tří redemptoristů, který je nyní umístěn v pravé boční lodi a je v něm umístěn Svatostánek. Plány oltáře zhotovil Prof. Jan Kastner. Na oltáři jsou sochy svatého Klimenta, svatého Alfonse a svatého Gerarda. Tento oltář se o Velikonocích mění na Boží hrob. Interiér kostela byl doplněn sochami světců, umístěnými u pilířů (svatý Antonín Paduánský, svatá Anežka Česká, svatý Alois, svatý Juda Tadeáš).
Jesličky měl kostel svatého Jana Nepomuckého od roku 1915 a provizorně se stavěly na oltáři svatého Josefa. Návrh na provedení stálých jesliček podal v roce 1942 Spolek přátel kostela a úkol přenést biblický děj do plzeňského prostředí připadl Janu V. Čermákovi z Kladenska. Pozadí Betléma je tvořeno obrazem Plzně z roku 1943, práci dokončil po zesnulém J. V. Čermákovi malíř František Vysekal z Kutné Hory. První skupinu plzeňských figurek dokončil v roce 1947 František Bartoš z Hradce Králové. Jesličky jsou naprosto specifické, spjaté s osobnostmi, kulturou a historií města. Ježíškovi se tak klaní patron města svatý Bartoloměj, ředitel první české školy Jan Rychtařík, purkmistr František Pecháček, Sedláček, Smetana, Klostermann, Josef Kajetán Tyl, řemeslníci, pracovníci pivovaru, Škodovky a průvod uzavírá plzeňský ponocný. Pravá strana jesliček je věnována venkovu, selky tu jsou v tradičním plzeňském kroji s holubičkami.
V období války vznikla také rozměrná freska Krista – Velekněze na klenbě presbytáře a symboly 7 křesťanských Svátostí na triumfálním oblouku. Freska Krista byla odstraněna při opravě interiéru a purifikaci zařízení kostela počátkem 80. let 20. století.
Varhany postavili bratři Augustin a Josef Paštika z Čestína u Kutné Hory. Varhany jsou pneumatické, o třech manuálech, mají 45 znějících rejstříků a četné kombinace. Stavba varhan trvala 3 měsíce. Byly posvěceny 26. 9. 1915.
Klášterní budova byla vystavěna ve dvou etapách. Stavbu provedla podle plánů pražských architektů Stalmacha a Svobody plzeňská firma Müller-Kapsa. První etapa proběhla v květnu až říjnu 1935, druhá část byla pod střechou do Vánoc roku 1935. Plně dokončený klášter s řádovou kaplí a knihovnou byl vysvěcen 11. června 1936. Z osudů kostela je třeba si připomenout období konce 2. světové války, kdy na prostranství Chodského náměstí, přímo před kostelem svatého Jana Nepomuckého, došlo 6. 5. 1945 v ranních hodinách k likvidaci německého ostřelovače americkými vojáky. Památkou na tyto boje byly donedávna patrné stopy po střelách na průčelí kostela svatého Jana Nepomuckého.
Dnes je kostel po generální rekonstrukci exteriéru, opraven byl interiér, pořízena ozdobná mříž, oddělující prostor pod kruchtou od vlastní chrámové lodi a umožňující celodenní adoraci věřících v kostele bez nebezpečí krádeže. V roce 2005 byla dokončena generální oprava varhan, které patří mezi nejlépe zachované nástroje romantického typu v České republice.
P. Tomáš Zapletal – od roku 1907, od roku 1909 II. Superior
P. Josef Roller – I. Superior – od roku 1907 do roku 1909
P. Jan Zíka – od roku 1909
P. Martin Janů – v roce 1911
Jar. Zíka – katecheta – v roce 1911
P. František Mečíř – rektor roku 1929
P. Rudolf Mayer – rektor v roce 1935
P. František Assiský Suchomel – rektor v roce 1936
(napsala Dr. Freiová)