Naše farnost patří k 71 farnostem Plzeňské diecéze. Byla zřízena ke dni 1. září 2007 dekretem plzeňského otce biskupa mons. Františka Radkovského ze dne 24. 8. 2007 pod názvem Plzeň-Bory.
Farním kostelem se stal kostel sv. Jana Nepomuckého na Chodském náměstí v Plzni, který vystavěli v letech 1908-1911 redemptoristé (řád Nejsvětějšího Vykupitele), kteří přišli do Plzně roku 1907. V roce 1950 po 43 letech plodného působení museli řeholníci odejít z Plzně na nátlak komunistického režimu a přišli o přilehlou klášterní budovu vedle kostela z roku 1935, kde nyní sídlí kriminální policie.
Zůstal okleštěný kostel, který připadl do správy bývalého arciděkanství u kostela svatého Bartoloměje. Bohumilé působení Řádu redemptoristů zapustilo hluboké kořeny na tomto místě, kde do dnešní doby v povědomí plzeňanů a širokého okolí zůstává tento kostel svatého Jana Nepomuckého ve slangovém rčení „U redemptoristů“, nebo i zkráceně „U rede“.
Na bohoslužby ke sv. Janu Nepomuckému začali docházet kaplani z kostela svatého Bartoloměje, z nichž mnozí byli osobnostmi významně se podílejícími na formování věřících. Vzpomeňme alespoň některé: mons. Aleš Opatrný, mons. Václav Malý, P. Alois Kánský, mons. Josef Žák, který založil roku 1985 Scholu u redemptoristů.
Prvním ustanoveným rektorem kostela byl po tomto období vzácný člověk mons. P. Antonín Hýža, působící zde od 15. 8. 1993 do 31. 6. 2006. K 1. 7. 2006 byl jmenován rektorem kostela s pověřením připravit novou farnost P. Miroslav Martiš, jmenovaný posléze k 1. 9. 2007 prvním farářem. Do nové farnosti bylo z arciděkanství od sv. Bartoloměje převedeno Slovenské katolické centrum se sídlem Borská 10, Plzeň – Jižní Předměstí, jehož vedením byl P. Miroslav Martiš ke dni 14. 10. 2005 pověřen.
Po sto letech budování místního společenství věřících byla tedy na Jižním předměstí Plzně zřízena farnost, která má vymezené hranice s náležícími částmi: Plzeň – Bory, Borská pole, Plzeň – Doudlevce. Spadají sem rovněž obce Radobyčice s obecní kaplí Panny Marie Fatimské, Útušice s obecní kaplí svatého Prokopa, Losiná s obecní kaplí svaté Anny z roku 1880, Čižice s obecní kaplí svatých Cyrila a Metoděje, Štěnovice s filiálním kostelem svatého Prokopa a farou, původně trinitářská „Misie“ z roku 1753, se zámeckou kaplí Panny Marie, Štěnovický Borek s obecní kaplí svaté Ludmily, Nebílovský Borek s obecní kaplí Panny Marie a obecní kaplí svaté Barbory v lese u Nebílovského Borku a s částí zvané Planiny, v níž leží poutní kaple svatého Vojtěcha z roku 1685.
V rámci farnosti se nachází komplex Západočeské univerzity, věznice Plzeň-Bory s bývalým kostelem Svaté Trojice a různá charitativní zařízení Diecézní charity Plzeň. Nesmíme také opomenout naši farní kancelář na Klatovské třídě 176, zakoupenou biskupstvím v květnu 2007 a darovanou farnosti. Budovu zakoupilo biskupství od Adventistů sedmého dne, kterým sloužila jako sborový dům.
V letech 2008 - 2009 byli pro naši farnost Plzeň-Bory jmenováni výpomocní duchovní. Od 1. 5. 2008 P. Michael Špán OSB, pověřený rovněž kaplanskou službou ve věznici Plzeň-Bory, od 22. 3. 2009 jako farní vikář P. Tomasz Kowalik OSST z Řádu Trinitářů, který přijel do Plzně z Krakowa. Dále ve farnosti působily pastorační asistentky s. Marie Goretti Anna Dřímalová SCSC, PaedDr. Mgr. Melánia Magdová, s. Andrea Jana Pavlacká SCSC.
V srpnu 2017 přicházejí do Plzně bratři řádu sv. Pavla, Prvního poustevníka tzv. paulíni a přebírají správu farnosti. Administrátorem farnosti je ustanoven P. Bogdan Stępień OSPPE, farním vikářem P. Robert Jasiulewicz OSPPE. Od ledna 2018 působí ve farnosti i pastorační asistentka sestra Michaela Monika Lokvencová OP. Sídlem farnosti je Klatovská třída 176.
Se souhlasem biskupství byla koncem roku 2017 zakoupena za prodej budovy na Klatovské třídě budova v Thámově ul. 30, aby se zde zbudovala nová farní kancelář a prostrory pro činnost farnosti. Dům na Klatovské třídě byl prodán farnosti u katedrály. Důvodem k přemístění sídla fary byla její vzdálenost od kostela a s tím spojená dostupnost, dále pak nevyhovující prostory. Během roku 2019/20 proběhla rozsáhlá rekonstrukce objektu za štědré podpory farníků a dárců. Celé dílo bylo završeno žehnáním kaple a domu 18. srpna 2020 za přítomnosti biskupa Tomáše Holuba a generálního představeného bratří paulínů. Oficiální provoz na nové faře, která byla pojata jako MÍSTO SETKÁVÁNÍ, se datuje k 1. září 2020. Jelikož rekonstrukce domu přesáhla cenu prodeje domu na Klatovské třídě, byla na první neděle v měsíci vyhlášena sbírka do umoření dluhu, který činil 4 mil. českých korun. Dluh byl umořen díky štědrosti farníků a dárců k prosinci 2023.
V září 2023 byl odvolán z Plzně P. Robert Jasiulewicz OSPPE a na jeho místo nastoupil P. Franczisek Gajewski OSPPE. Bratři paulíni byli pověřeni navíc správou farnosti Nýřany. P. Bogdan byl jmenován farářem farnosti Plzeň-Bory, P. Franczisek administrátorem farnosti Nýřany.
Během jara 2023 byla zvolena nová pastorační rada, jejímž úkolem je spolupracovat při pastoraci a plánování ve farnosti. Tvoří ji deset členů, z nichž byli čtyři zvoleni: Švehla Antonín, Macháček Jiří, Vadlejchová Alena, Lachman Tomáš a tři nominováni: Lachmanová Marie, Fritzová Marie, Rajtmajer Karel. Všichni přítomní podepsali dekret o ustanovení. Zbylí tři členové jsou P. Bogdan Stepień, P. Franczisek Gajewski a sestra Michaela Lokvencová.
Ohledně dění probíhají kromě pravidelných bohoslužeb se ve farnosti setkávání farníků při "rede-kávě" v poslední neděle v měsíci, dále jednou měsíčně večery chval, celodenní adorace v poslední pátky, každý týden modlitební společenství, modlitby matek a otců a setkávání seniorů, zkoušky schol, slůvka pro děti během bohoslužeb, výuka náboženství a víkendovky pro děti, přípravy na křty a další svátosti dospělých, doprovázení znovu sezdaných manželských párů, exorcismus, semináře, lidové misie, duchovní obnovy, Noc kostelů, farní výlety, poutě ke sv. Janu Nepomuckému ve farním kostele, sv. Prokopovi ve Štěnovicích a Útušicích, sv. Vojtěchovi v Nebílovech a ke sv. Barboře v lesní kapli u Nebílov.